Od początku rozgrywek w niezależnej Ukrainie klub występował w Pierwszej Lidze. W sezonach 1994/95–1996/97 oraz 1999/00–2005/06 występował w Drugiej Lidze. W końcu 2008 były prezes klubu Ołeksij Sawczenko oskarżył sędziów o działania korupcyjne. Potem został usunięty od spraw piłkarskich i przekazał klub 9 lutego 2009 nowemu prezesowi Wałeriju Korotkowowi z RównegoМногострадальная „Десна” получила владельца (dynamomania.com, 10 февраля 2009).. Ale samemu przedsiębiorcy ciężko było utrzymać klub, dlatego 13 maja 2009 przekazał klub dyrektorowi generalnemu „Agrofirmy Piatychatka” Ołeksandrowi Poworozniukowi z Kirowohradu. W końcu maja Poworozniuk porozumiał się z byłym prezesem Sawczenką, w sprawie wspólnego finansowania klubu. Ich wspólne przedsiębiorstwo „Desna-Partner” zostało głównym sponsorem klubu. Jednak w 2010 klub ponownie odczuł problemy finansowe. W ostatniej kolejce nie wyjechał na mecz kalendarzowy, dlatego został zdyskwalifikowany przez PFLПротокол решений Дисциплинарного комитета ПФЛ от 09-06-10 №40.. 9 lipca 2010 klub po reorganizacji został ponownie dopuszczony do rozgrywek przez PFL.. Nowym prezesem klubu został Jurij Tymoszok, zastępca dyrektora koncernu „Czernihiwspyrthoriłka”UA-Футбол. „Десна” буде грати!.
Sukcesy 4.