W 2006 roku Jakupović został sprzedany za 2 miliony euro do rosyjskiego Lokomotiwu Moskwa. 19 marca zadebiutował w Premier Lidze w spotkaniu z Krylją Sowietow Samara. Z Lokomotiwem był trzeci w lidze i pełnił rolę rezerwowego dla Uzbeka Aleksieja Poliakowa. W 2007 roku wystąpił w 15 spotkaniach Lokomotiwu.
We wrześniu 2007 Jakupović został wypożyczony do Grasshoppers i tym samym powrócił do klubu z Zurychu. 29 września w 90. minucie meczu z BSC Young Boys uratował remis 3:3 swojemu zespołowi zdobywając pierwszego gola w karierze. W 2010 roku Jakupović odszedł z Grasshoppers do greckiego Olympiakosu Volos, a rok później został graczem drużyny Aris FC.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2004/05 Grasshoppers Zurych Swiss Super League 13 0 2005/06 FC Thun 22 0 2006 Lokomotiw Moskwa Priemjer-Liga 5 0 2007 15 0 2007/08 Grasshoppers Zurych Swiss Super League 23 1 2008/09 34 0 2009 Lokomotiw Moskwa Priemjer-Liga 0 0 2010/11 Olympiakos Volos Alpha Ethniki 33 0 2011/12 Aris FC 1 0 2012/13 Hull City Championship 5 0 2013/14 Premier League 1 0 2013/14 Leyton Orient (wyp.) League One 4 0 2013/14 9 0 2014/15 Hull City Premier League 3 0 2015/16 Championship 2 0 2016/17 Hull City Premier League 21 0 2017/18 Leicester City 2 0