Należy jej także unikać u osób uczulonych na siarczyny (co częściej dotyczy osób chorych na astmę), ponieważ preparaty amikacyny zazwyczaj zawierają pirosiarczyn sodu, który może wywołać reakcję alergiczną.
Zasadniczo nie należy stosować amikacyny jednocześnie ani bezpośrednio przed lub po podaniu innego leku mogącego powodować neurotoksyczność, ototoksyczność lub nefrotoksyczność. Do leków takich należą: inne aminoglikozydy; lek przeciwwirusowy acyklowir; lek przeciwgrzybiczy amfoterycyna B; antybiotyki takie jak bacytracyna, kapreomycyna, kolistyna, polimyksyna B i wankomycyna; a także cisplatyna, stosowana w chemioterapii.
Nie należy stosować amikacyny w połączeniu z lekami blokującymi przewodnictwo nerwowo-mięśniowe, gdyż mogą one nasilać osłabienie mięśni i prowadzić do porażeń.
Zastosowanie w weterynarii Amikacyna została zatwierdzona przez FDA do stosowania jedynie u psów oraz w przypadku infekcji wewnątrzmacicznych u koni, ale jest jednym z najczęściej stosowanych aminoglikozydów w medycynie weterynaryjnej. Wykorzystywano ją u psów, kotów, świnek morskich, szynszyli, chomików, szczurów, myszy, piesków preriowych, bydła, ptaków, węży, żółwi, gadów z rzędu krokodyli, oraz ryb.