Jegocin od 1991 roku wchodzi w zestaw jezior reperowych, tj. poddanych regularnemu monitoringowi jakości wody w celu śledzenia trendów zmian środowiska. Ocena w roku 1991 wskazywała na trzecią klasę czystości, w następnych kilku latach zaś na klasę drugą. W 1998 roku czystość wód oceniono już na pierwszą klasę. Poprawa czystości wód umożliwiła zasiedlenie głębszej warstwy dna przez rośliny fitolitoralu. W ciągu siedmiu lat – między 1997 a 2004 – dało to przyrost pokrycia powierzchni jeziora przez fitolitoral o kilka hektarów z 37,6% do 39,8%. Mimo że rynnowa morfometria Jegocina może powodować zaniżanie oceny stanu na podstawie Makrofitowego Indeksu Stanu Ekologicznego, w różnych badanych latach wskazuje on bardzo dobry stan ekologiczny. W podobnym okresie średnia widoczność krążka Secchiego w najgłębszym miejscu jeziora wyniosła 2,7 m. Inne badania współczesne potwierdzają bardzo dobry stan ekologiczny pozostałych badanych biologicznych elementów oceny, czyli fitobentosu i fitoplanktonu. Na przełomie XX i XXI wieku zagęszczenie fitoplanktonu było niskie. Jego miara, czyli zawartość chlorofilu a, wynosiła średnio 2,4 μg dm−3, podczas gdy przeciętna zawartość w polskich jeziorach monitorowanych w tym czasie wynosiła ok. 30 μg dm−3.