Kopia posągu Bartolomeo Colleoniego z Wenecji, pochodząca z kolekcji Heinricha Dohrna (przez lata stojąca na dziedzińcu warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych), oraz marmurowa kopia posągu Mojżesza Michała Anioła (tamże), były „darem” Szczecina dla stolicy, wziętym ze szczecińskiego muzeum.
Jesienią 1947 roku muzeum zyskało status placówki okręgowej i jako Muzeum Pomorza Zachodniego sprawowało opiekę merytoryczną nad muzeami zachodniopomorskimi. W roku 1970 w uznaniu ponadregionalnej wartości zbiorów zostało podniesione do rangi Muzeum Narodowego. W latach 70. Muzeum Narodowe w Szczecinie wzbogaciło się o dalsze dwa gmachy: Ratusz Staromiejski, w którym utworzono Muzeum Historii Szczecina oraz lewe skrzydło budynku dawnej komendantury garnizonu twierdzy szczecińskiej, w którym dzisiaj mieści się Muzeum Sztuki Współczesnej.
Dyrektorzy Lech Krzekotowski (1945–1949) Józef Marciniak (1949–1952) Natalia Pacanowska-Haltrecht (1952–1955) Władysław Filipowiak (1955–2000) Lech Karwowski (2001–2024) Agnieszka Bortnowska (od 2025;