20 sierpnia 1980 roku podpisał apel 64 uczonych, pisarzy i publicystów do władz komunistycznych o podjęcie dialogu ze strajkującymi robotnikamiApel (dokument KSS KOR, Archiwum Opozycji IV/04.05.43 [b.n.s.])..
Jego pierwszą żoną była Maria Fryland, psycholog, a drugą Iza Bieżuńska (1917–1995), historyczka, z którą wziął ślub w 1947 w Warszawie.
Zmarł 31 sierpnia 1988 w Warszawie, pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej (sektor 2a-1-27)Grób Mariana Małowista w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie. – tu podane położenie grobu: kwatera 2, rząd 4..
Spuścizna Mariana Małowista znalazła się w zasobach Archiwum Polskiej Akademii Nauk.
Uczniowie Stworzył własną szkołę badawczą. Uczestnikami jego seminarium byli, m.in.: Maria Bogucka, Marian Dygo, Andrzej Dziubiński, Bronisław Geremek, Rafał Karpiński, Jan Kieniewicz, Dariusz Kołodziejczyk, Marcin Kula, Tadeusz Lalik, Antoni Mączak, Danuta Molenda, Bronisław Nowak, Henryk Samsonowicz, Jan Szemiński, Stanisław Trawkowski, Michał Tymowski, Marek Urbański, Andrzej Wyrobisz i Benedykt Zientara.