Od tego czasu nieprzerwanie stoi na czele tego ugrupowania, od 2003 funkcjonującego pod nazwą Słoweńska Partia Demokratyczna.
Dwukrotnie sprawował urząd ministra obrony – w latach 1990–1994 (w tym w okresie wojny o niepodległość), a także ponownie od czerwca do listopada 2000 w krótkotrwałym gabinecie Andreja Bajuka. W 2004, po zwycięstwie w wyborach krajowych, kierowana przez niego SDS utworzyła (wraz z Nową Słowenią, Słoweńską Partią Ludową i partią emerytów) centroprawicową koalicję rządową. Janez Janša objął stanowisko premiera słoweńskiego rządu, które zajmował przez pełną czteroletnią kadencję.
W wyborach w 2008 demokraci nieznacznie przegrali z Socjaldemokratami, przechodząc do opozycji. Pod koniec tego samego roku Janez Janša, który utrzymał mandat poselski, został przewodniczącym rady ekspertów, stanowiącej nieformalny gabinet cieni. W wyborach w 2011 po raz kolejny został posłem, kierowana przez niego partia ponownie zajęła drugie miejsce.
28 stycznia 2012 parlament większością głosów (51 do 39) powołał go na urząd premiera, powierzając misję utworzenia rządu w ciągu 14 dni. Drugi rząd Janeza Janšy został zaprzysiężony 10 lutego 2012, uzyskując wotum zaufania.