Pierwsza wystawa, która odbyła się w przejętym przez muzeum kościele Świętej Cecylii, odbywała się w roku 1960 zatytułowana Große Kunst des Mittelalters aus Privatbesitz, będąca nawiązaniem do starszej wystawy z 1927. thumb|left|Konsola z popiersiem młodej kobiety dłuta Heinricha Parlera, około 1390 – jeden z głównych eksponatów wystawy Die Parler und Schöne Still – Europäische Kunst unter den Luxemburgern Za dyrekcji Antona Legnera Schnütgen-Museum osiągnęło znaczący, ogólnoświatowy sukces dzięki głównie trzem spektakularnym wystawom z 1972, 1978/79 i 1985. Pierwszą z nich Rhein und Maas – Kunst und Kultur 800 – 1400, poświęconą nadreńskiej i nadmozańskiej sztuce doby przedromanizmu, romanizmu oraz wczesnego i dojrzałego gotyku odwiedziło 218 000 zwiedzających. Był to rezultat zainicjowanego przez wcześniejszego dyrektora Hermanna Schnitzlera międzynarodowego projektu, w którym wzięli udział historycy i historycy sztuki z RFN, Francji, Belgii i Holandii. Wystawa odbyła się w kolońskim Josef-Haubrich-Kunsthalle, a następnie w Królewskich Muzeach Sztuk Pięknych w Brukseli. W 1975 odbyła się wystawa Monumenta Annonis – Köln und Siegburg. Weltbild und Kunst im hohen Mittelalter, której głównym punktem było pokazanie dokumentów i rękopisów ze zbiorów watykańskich poświęconym średniowiecznym dziejom Kolonii i Siegburga.