Na koniec sezonu 2007/2008 wywalczył wicemistrzostwo Hiszpanii.
W 2010 przeszedł do Atlético Madryt, gdzie spędził dziewięć lat osiągając największe sukcesy, dwukrotnie występując w finale Ligi Mistrzów (2014 i 2016). Od 2019 grał kolejno w Interze Mediolan, Cagliari, Atlético Mineiro i Velez Sarsfield.
W lipcu 2023 ogłosił, że zakończył swoją karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2003 CA Cerro Primera División Uruguaya 2 0 2004 14 0 2005 17 1 2005/06 30 5 2006/07 Nacional 26 0 2007/08 Villarreal CF Primera División 24 1 2008/09 31 0 2009/10 36 3 2010/11 Atlético Madryt 25 0 2011/12 27 2 2012/13 35 1 2013/14 34 4 2014/15 34 3 2015/16 31 1 2016/17 31 3 2017/18 30 0 2018/19 30 3
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Urugwaju Godín zadebiutował 26 października 2005 w przegranym 1:3 towarzyskim spotkaniu z Meksykiem. Od czasu debiutu stał się podstawowym obrońcą kadry narodowej, dla której w maju 2006 zdobył swojego pierwszego gola w karierze, w zremisowanym 1:1 sparingu z Serbią i Czarnogórą. W 2007 został powołany przez selekcjonera Óscara Tabáreza do kadry na Copa América 2007, na którym zajął z „Celestes” 4. pozycję. 4. miejsce Godín zajął także na Mistrzostwach Świata 2010 w RPA, gdzie Urugwajczycy przegrali w meczu o brązowy medal z Niemcami 2:3.