Uszkodzenie bazy danych Outlook Express podatny jest na liczne problemy mogące przyczynić się do uszkodzenia plików bazy danych, szczególnie gdy baza danych powiększa swój rozmiar z powodu zwiększającej się liczby przechowywanych wiadomości i w trakcie kompaktowania bazy danych. Doprowadziło to do pojawienia się oprogramowania mającego za zadanie utworzyć kopię zapasową, przywrócić i odzyskać uszkodzone pliki. Powstał również otwarty projekt UnDBX, który wydaje się być skutecznym w odzyskiwaniu uszkodzonych baz danych. Firma Microsoft wydała również dokumentację mogącą pomóc poprawić niektóre błędy i przywrócić dostęp do wiadomości bez konieczności używania programów firm trzecich.
Jednakże po zastosowaniu najnowszych poprawek, Outlook Express przed procesem kompaktowania bazy danych wykonuje kopie zapasowe plików . Przechowywane są w Koszu. W sytuacji wystąpienia błędu podczas kompaktowania i utraty zapisanej poczty, użytkownik może wydostać plik z systemowego Kosza.