Status jako gatunku Nie wszyscy uczeni zgadzają się, że słonie leśne powinny być klasyfikowane jako oddzielny gatunek, częściowo dlatego, że ich rozróżnienie nie spełnia koncepcji gatunku biologicznego (hybrydy ze słoniem afrykańskim są płodne). Na ich odrębność od większych kuzynów z buszu i sawann wskazują jednak badania genetyczne. Badania te pierwotnie prowadzono w celu wskazania źródeł pochodzenia kości słoniowej w nielegalnym obrocie.
Badania DNA mitochondrialnego słoniowatych przeprowadzone przez Rohland i współpracowników zasugerowały, że Loxodonta cyclotis oddzielił się od L. africana około 6,6–8,6 mln lat temu, jednak mtDNA reprezentuje tylko jedno locus genomu, dlatego nie zawsze daje ono prawdziwy obraz filogenezy. Hipotezę tę wsparła jednak analiza 375 loci DNA jądrowego. Sugeruje ona, że dwa gatunki słoni afrykańskich oddzieliły się od siebie mniej więcej w tym samym czasie, co słoń indyjski i mamut włochaty – klasyfikowane w odrębnych rodzajach – co potwierdza zasadność klasyfikowania L. cyclotis i L. africana jako osobnych gatunków.