Wymarcie Data wymarcia rynchozaurów jest niepewna. Większość znanych skamieniałości przedstawicieli grupy odkryto w osadach starszych niż przełom karniku i noryku; na tej podstawie sugerowano, że rynchozaury wymarły właśnie na przełomie karniku i noryku, a przyczyną ich wyginięcia mogło być wymarcie Dicroidium – roślin które były prawdopodobnie głównym pokarmem rynchozaurów. Spielmann, Lucas i Hunt (2013) opisali jednak trzy końce dalsze kości ramiennych odkryte w osadach formacji Bull Canyon w Nowym Meksyku z wczesnego lub środkowego noryku, które uznali za kości rynchozaurów z gatunku Otischalkia elderae; jeśli taką klasyfikację potwierdzą przyszłe badania, skamieniałości te dowodzić będą przetrwania rynchozaurów do noryku (Mukherjee i Ray sugerują jednak, że gatunek ten jest nieważny).
Systematyka Według definicji filogenetycznej przedstawionej przez Dilkesa (1998) do Rhynchosauria należy ostatni wspólny przodek rodzajów Howesia i Mesosuchus oraz wszyscy jego potomkowie. Bardziej zaawansowany klad to Rhynchosauridae, obejmujący wszystkich potomków ostatniego wspólnego przodka rodzajów Rhynchosaurus, Stenaulorhynchus, Scaphonyx (później uznany za nomen dubium) i Hyperodapedon.