Ze współczesnych kierunków największy wpływ na jego twórczość wywarł ekspresjonizm, dlatego Pregelj uchodzi za najbardziej wyrazistego słoweńskiego, ekspresjonistycznego epika. Jednakże wpływała na jego twórczość też katolicko-chłopska literacka ideologia. Jego poglądy na literaturę wypływają z ideowego i estetycznego ukierunkowania A. Mahniča. Wpływ na twórczość I. Pregelja mieli również Janez Evangelist Krek, a później Izidor Cankar, Fran Saleški Finžgar i France Stelè. W estetyce i poetyce był wierny klasycznym wzorom (Platon, Arystoteles, Avguštin), chociaż w najlepszych prozatorskich dziełach pod względem formy i stylu był innowacyjny. Życie opisywał jako fatalny splot instynktów, religijną mistykę i wolę w opanowywaniu samego siebie. Najgłębiej sięgnął po opisy wewnętrznych ucisków duchownych, rozdartych pomiędzy cielesnością i prawem kościelnym. Walkę krwi i ducha ukazał w formie naturalistycznej. Jego radykalizm wielokrotnie wzbudzał ostre osądy katolickiej krytyki. Rozpoczął od poezji, a później poświęcił się przede wszystkim prozie. Jego rozwój od pierwszych publikacji (1901) do pierwszych dojrzałych i niezależnych dzieł (opowiadanie Mlada Breda, 1913) przebiegał powoli. Jego najbardziej płodny okres to lata 1914–1923, w którym trudno przezwyciężył religijny i ideowy kryzys.