inne analizy kwestionują jednak bliskie pokrewieństwo Drepanosauridae z protorozaurami. Do protorozaurów bywa też zaliczany rodzaj Sharovipteryx, jednak jak dotąd nie uwzględniano tego zwierzęcia w opublikowanych analizach kladystycznych, które mogłyby potwierdzić jego przynależność do tej grupy (nie licząc kontrowersyjnej analizy Davida Petersa z 2000 r, z której wynikała przynależność do protorozaurów nie tylko rodzaju Sharovipteryx, ale także rodzaju Longisquama oraz pterozaurów; większość naukowców podchodzi sceptycznie do badań Petersa).
Stopień pokrewieństwa między różnymi rodzajami protorozaurów pozostaje słabo poznany. Nie jest nawet pewne, czy grupa ta jest monofiletyczna; niektóre analizy sugerują, że rodzaj Prolacerta jest bliżej spokrewniony z kladem Archosauriformes niż ze zwierzętami tradycyjnie zaliczanymi do protorozaurów. Również w analizie Müllera (2004) Prolacertiformes są parafiletyczne: rodzaje Prolacerta, Macrocnemus i Tanystropheus są sukcesywnie bardziej odległymi grupami zewnętrznymi w stosunku do kladu obejmującego rynchozaury, trilofozaury i grupę Archosauriformes.