Mimo że większość jezior Pojezierza Suwalskiego należy do zbiorników płytkich, to właśnie tutaj znajdują się dwa z najgłębszych jezior w kraju – Hańcza i Wigry. Do najpiękniejszych pod względem krajobrazowych zaliczane są jeziora: Wigry, Szelment Wielki, Boczne, Rospuda Filipowska.
Różnice klimatyczne zadecydowały o odmienności geobotanicznej Pojezierza Litewskiego od innych makroregionów. Pojezierze Suwalskie ma wiele północnych cech klimatycznych z Pojezierzem Litewskim. We florze dominują gatunki borealne, subborealne oraz arktyczne i subarktyczne. W średniowieczu obszar pojezierza pokryty był niemal w całości lasami, w których do schyłku XIII w. znajdowały się osady Jaćwingów zwanych też Sudawami. Na przełomie XV i XVI w. lasy zostały podzielone na mniejsze jednostki administracyjne, zwane puszczami. Na obszarze pojezierza znalazła się częściowo Puszcza Merecka, Przełomska, Perstuńska i Berżnicka. Wtedy też rozpoczęła się kolonizacja obszaru i wycinka lasów. Obecnie brak jest większych kompleksów leśnych.