W tym czasie wystartował na mistrzostwach świata w lotach w Vikersund, zajmując siódme miejsce oraz na mistrzostwach świata w Lahti, gdzie wystąpił tylko w konkursie indywidualnym na normalnej skoczni, plasując się na 32. pozycji. Na podium zawodów Pucharu Świata Japończyk wrócił w sezonie 2001/2002, kiedy to dwukrotnie zajął trzecie miejsce. Ośmiokrotnie plasował się w czołowej dziesiątce, co pozwoliło mu zająć 10. miejsce w klasyfikacji generalnej. W lutym 2002 wystąpił na igrzyskach olimpijskich w Salt Lake City, gdzie indywidualnie był dziewiąty na normalnej skoczni oraz siódmy na dużej. W konkursie drużynowym Japończycy z Funakim w składzie zajęli piąte miejsce. W marcu tego samego roku zajął 23. miejsce na mistrzostwach świata w lotach w Harrachovie.
W latach 2003–2005 uzyskiwał przeciętne wyniki w Pucharze Świata. Na mistrzostwach świata w Val di Fiemme w 2003 był szesnasty na dużej i piętnasty na normalnej skoczni, a razem z Miyahirą, Kasaim i Akirą Higashim wywalczył srebrny medal w konkursie drużynowym. Coraz rzadziej zdobywał punkty, a w pierwszej dziesiątce zawodów pojawił się raptem kilka razy. Jednak 5 lutego 2005 wygrał zawody PŚ w Sapporo, wyprzedzając Thomasa Morgensterna oraz Roara Ljøkelsøya.