W 1968 roku rozpoczęto budowę nowej zajezdni przy ulicy Kostrzyńskiej, która została oddana do eksploatacji w 1972 roku z jednoczesną likwidacją zajezdni przy ulicy Składowej. W 1975 roku zakład otrzymał nazwę Przedsiębiorstwo Komunikacji Miejskiej. W 1991 roku przekształcono PKM w Miejski Zakład Komunikacji zakład budżetowy gminy Gorzów Wielkopolski. 4 marca 2000 roku do gorzowskiego MZK, zostały dostarczone pierwsze autobusy niskopodłogowe Solaris Urbino 12 I.
W marcu 2007 roku prezydent miasta zasugerował możliwość likwidacji torowiska prowadzącego na osiedle Piaski w celu utworzenia deptaka na ul. Chrobrego. Spotkało się to ze zdecydowanymi protestami mieszkańców oraz większości klubów radnych Rady Miejskiej. W maju prezydent Tadeusz Jędrzejczak wycofał się ze swojego pomysłu.
Po uruchomieniu produkcji telewizorów w gorzowskiej fabryce, MZK uruchomiło w lutym 2008 roku dodatkowe kursy na wydłużonej trasie na liniach: 101, 104, 117 i 202 (po kilku miesiącach z powodu rosnącego zapotrzebowania także 100 i 126) do pętli Złotego Smoka, znajdującej się nieopodal fabryki.