W 1931 został wybrany na dyrektora Instytutu Geologii i Paleontologii Uniwersytetu Wrocławskiego, które to stanowisko piastował do końca wojny w 1945. Doprowadził do ewakuacji znacznej części zbiorów instytutowych muzeów mineralogicznego i geologiczno-paleontologicznego przed oblężeniem Wrocławia, przyczyniając się do ich uratowaniaMierzejewski i in. 2003. Ewakuowany z Wrocławia w styczniu 1945, udał się do Getyngi, gdzie został profesorem tamtejszego uniwersytetuMierzejewski i in. 2003.
Uhonorowania członek Akademii Nauk w Getyndze (1946)Kozłowski A., 2025: Bederke Erich. W: Parafiniuk J. (red.): Słownik biograficzny geologów polskich. Polska Akademia Umiejętności, Kraków, strona 29. ISBN 978-83-7676-381-1. doktor honoris causa Uniwersytetu w Kolonii (1961)Doktoraty honoris causa członek Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina (1961)Kozłowski 2025, str. 29.