W grudniu 1992 roku Apator został przekształcony z przedsiębiorstwa państwowego w spółkę akcyjną, a dotychczasowi pracownicy zostali jej akcjonariuszami. Przedsiębiorstwo pracowało początkowo na bazie majątku oddanego mu przez Skarb Państwa do odpłatnego korzystania. W 1996 roku nabyło ten majątek na własność. Na przełomie stycznia i lutego tegoż roku przeprowadzono ofertę publiczną części dotychczasowych akcji połączoną z nową emisją. Akcje Apatora są od 24 kwietnia 1997 roku notowane na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie. W marcu 2004 roku Apator nabył pakiet kontrolny akcji świdnickiej Fabryki Aparatury Pomiarowej „Pafal”.
14 kwietnia 2008 roku Apator nabył 20% udziałów spółki Apator GmbHA, stając się jej jedynym właścicielem. 30 kwietnia za kwotę ponad 70 mln zł zakupił 97,1% akcji poznańskiej Fabryki Wodomierzy PoWoGaz SA.
Akcjonariat Według danych z maja 2008 roku znanymi akcjonariuszami spółki byli: Apator Mining sp. z o.o.