Zmarł 17 lipca 1649 r. w Bratianie. Został pochowany 10 listopada 1649 r. w grobowcu w bazylice św. Tomasza w Nowym Mieście Lubawskim. Po jego śmierci na zlecenie najprawdopodobniej żony wykonano chorągiew nagrobną (wymiary 7 m. x 3,2), która miała utrwalić rysy zmarłego oraz opisać jego bohaterskie czyny (dostęp: 21 maja 2008)..
Chorągiew nagrobna Jana Pawła Działyńskiego Chorągiew stanowi unikatowy zabytek klasy europejskiej. Wykonano ją z czerwonego jedwabiu. Jest dwustronnie pomalowanego techniką olejną na podkładzie kredowym. Na awersie pośrodku widnieje klęcząca postać Działyńskiego, nad nim w obłokach ukoronowana Matka Boska, u stóp krzyża hełm i zbroja, obok czapka z pióropuszem, buława oraz kopia z symbolicznie złamanym drzewcem zamykająca obraz z dołu. Całość ujęta z trzech stron pasem ornamentacyjnym z elementami dekoracyjnymi. Na rewersie znajdują się motywy dekoracyjne obramowujące prostokątną część środkową z napisem o formie i treści podobnej do przedstawień na awersie. U dołu znajdują się lufy dział, kule i beczki z prochem. Nad nimi herby: po lewej Dönhoff, po prawej Prus. U góry kartusz z herbem Sulima, a przy nim po bokach pęki proporców i chorągwi. W części środkowej czterodzielna tarcza z herbami: Leszczyc, Topór, Korwin, Nałęcz.