Następnie 19 kwietnia 2021 roku powołano 4 parafie – dwie w Warszawie (parafia Kościół Dobrego Pasterza oraz parafia Odkupiciela) oraz po jednej w Krakowie (parafia Chrystusa Zbawiciela) i Gdańsku (parafia Trójcy Świętej), a także wybrano Przewodniczącego i Zastępcę Przewodniczącego Prezbiterium. Pierwszym Przewodniczącym został pastor parafii Kościół Dobrego Pasterza Moner Shaded, a na Zastępcę wybrany został Michał Rogatko (starszy zarządzający parafii Odkupiciela w Warszawie). 15 maja 2023 roku powołano ich na drugą kadencję.
30 stycznia 2024 roku Kościół stał się członkiem Światowej Społeczności Reformowanej.
28 kwietnia 2025 roku na Przewodniczącego Prezbiterium został powołany Michał Rogatko, zaś na Zastępcę Michał Sylwestrowicz. Zostali oni powołani na dwuletnią kadencję.
Nauka Kościoła Kościół Ewangelicko-Prezbiteriański jest kościołem chrześcijańskim, a mówiąc konkretniej protestanckim. Wyznaje i naucza ortodoksyjnych doktryn chrześcijańskich. Jego zasady wiary są określone przez dokumenty wyznaniowe, którymi są Westminsterskie wyznanie wiary oraz Mały i Duży Katechizm, spisane w XVII wieku w Anglii.