thumb|upright|Ordonówna (1939) Po wybuchu II wojny światowej przebywała początkowo w Warszawie, gdzie jesienią 1939 została uwięziona na Pawiaku. Do jej aresztowania doszło po wcześniej zaaranżowanym spotkaniu z Igo Symem (przedwojennym partnerem scenicznym Ordonówny), który był konfidentem Gestapo. Została zwolniona dzięki staraniom męża – w 1940 Tyszkiewicz otrzymał obywatelstwo litewskie, dzięki czemu udało mu się wydostać żonę z więzienia. Po zwolnieniu Ordonówna z mężem wyjechała do Wilna, gdzie jako obywatele litewscy brali udział w polskim życiu kulturalno-towarzyskim. W Wilnie w latach 1940–1941 grała w Teatrze na Pohulance, w „Lutni” i w Polskim Teatrze Dramatycznym. Kolejny raz aresztowana, tym razem przez NKWD po aneksji Litwy przez ZSRR, została wywieziona do łagru w Uzbekistanie, a jej mąż w głąb Rosji. thumb|upright|Grób Hanki Ordonówny na cmentarzu Powązkowskim Trudne warunki życia w czasie zesłania spowodowały nawrót choroby płuc, której już nigdy nie udało się wyleczyć. Po zwolnieniu z zesłania, w następstwie układu Sikorski-Majski, Ordonówna początkowo zorganizowała teatr w polskim ośrodku w Tocku, później zajęła się organizowaniem pomocy dla osieroconych dzieci polskich wygnańców. Z uwagi na zły stan zdrowia wyjechała do Taszkentu. W tym okresie spotkała się ponownie z mężem.