W 1914 roku zbór liczył 234 (według innego źródła: 232) członków. Podczas I wojny światowej liczba wyznawców przekroczyła 300 osób, po wojnie zaczęła spadać. Dokładna liczba baptystów w Toruniu w okresie II Rzeczypospolitej nie jest znana. W wyniku braku rozeznania baptystów mylono z adwentystami bądź w statystykach uwzględniano wyznawców z powiatu toruńskiego. Pod koniec lat 20. XX wieku zbór liczył 73 osoby. Spadek liczby wyznawców wynikał z przyłączenia Pomorza Nadwiślanego do Polski w 1920 roku i wynikającej z niej emigracji ludności niemieckiej na Zachód.
W okresie międzywojennym zbór działał na podstawie prawa pruskiego z połowy XIX wieku. Po 1920 roku zbór w Toruniu podlegał konsystorzowi w Poznaniu, a siedziba zarządu regionalnego znajdowała się w Chełmży. Na czele zarządu stał pastor Richard Kretesch. Stałym kaznodzieją w toruńskim zborze byli Adolf Knoffel (1920–1922), a następnie Richard Kretesch (1926–październik 1929). Około 1924 roku w powiecie toruńskim żyło ok. 130 baptystów, a w samym mieście 70. W latach 20. XX wieku gmina otrzymała na własność kaplicę przy ulicy Matejki 15, dom dla stróża, kaplicę w Czarnym Błocie i 17 mórg ziemi w Nowej Wsi.