Przez kilka lat po wydaniu piosenki nie była ona w ogóle wykonywana przez Dylana. Po raz pierwszy publicznie wykonał ją w sierpniu 1969 r. podczas słynnego koncertu na wyspie Wight w Wielkiej Brytanii. Powrócił do niej ponownie w styczniu 1974 r. podczas swojego pierwszego tournée od maja 1966 r. To wykonanie „Highway 61 Revisited” z grupą The Band zostało wydane na albumie Before the Flood (1974).
Po 10 latach przerwy Dylan ponownie rozpoczął wykonywanie piosenki na koncertach, tym razem jednak już zdecydowanie częściej.
Sesje 2 sierpnia 1965 odbyła się sesja nagraniowa do albumu Highway 61 Revisited w Columbia Studio A w Nowym Jorku. Powstało 10 wersji utworu. Na płycie acetatowej (pierwotnej wersji albumu) piosenka ta znalazła się na pozycji 4. Ostatecznie na albumie umieszczona została jako ścieżka numer 7.
Wykonania koncertowe 1969 31 sierpnia 1969 – koncert z zespołem The Band w Woodside Bay w Near Ryde na wyspie Wight, Wielka Brytania. Był to jedyny pełny koncert Dylana pomiędzy czerwcem 1966 r. a styczniem 1974 r.