Rok później na Igrzyskach Olimpijskich w Atlancie zdobyła srebrne medale na 100 i 200 metrów stylem dowolnym oraz brązowy w sztafecie 4x100 metrów dowolnym.
Słabszym okresem w karierze van Almsick są lata 1997–2001, kiedy to zdobywała medale jedynie w sztafetach. Wielki powrót na szczyt nastąpił w 2002 na Mistrzostwach Europy w rodzinnym Berlinie, podczas których van Almsick zdobyła 5 złotych medali i poprawiła swój własny rekord świata na 200 metrów stylem dowolnym wynikiem 1:56,64. Rekord ten straciła dopiero w 2007 roku. Ostatnimi sukcesami Franziski van Almsick są brązowe medale w sztafetach 4x100 dowolnym i zmiennym z Igrzysk Olimpijskich w Atenach.
Łącznie Franziska van Almsick zdobyła 10 medali igrzysk olimpijskich, 6 mistrzostw świata oraz 21 medali mistrzostw Europy, w tym 18 złotych, co jest rekordem.
W latach 2000–2004 była związana z Stefanem Kretzschmarem, niemieckim piłkarzem ręcznym.
W 2004 roku ukazała się jej autobiografia Aufgetaucht.
W 2005 roku zaczęła pracę jako komentatorka telewizyjna, m.in.