Jednakże dalsze spory w Dorpat, a następnie w Rewelu (obecnie Tallinn), zmusiły go do ucieczki z Inflant w 1526 roku.
Sytuacja niepokojów, konfliktów z władzami i konieczności ucieczki powtórzyła się w Sztokholmie (Szwecja, 1526) i w Lubece (1527).
W 1528 r. w Kilonii uzyskał obietnicę ochrony i zgodę na działalność króla duńskiego Fryderyka I Oldenburga, który prowadził politykę tolerancji religijnej. Tamtejsza działalność zakończyła się jednak znów banicją, a tym razem także wykluczeniem z grona luteranów - powodem było przyjęcie przez Hoffmana niezgodnych z luterańskimi poglądów Zwingliego odnośnie eucharystii.
Anabaptyzm W 1530 w Strasburgu przyjął chrzest z rąk anabaptystów. Wkrótce potem rozpoczął działalność w północnych Niemczech (Emden) i Niderlandach, chrzcząc publicznie nowo pozyskanych wyznawców. Głosił bliskość paruzji, która miała nastąpić w Strasburgu. W 1533 dobrowolnie oddał się w ręce władz. Po jego uwięzieniu przywództwo w ruchu objęli Jan Matthijs oraz Jan z Lejdy, którzy doprowadzili do powstania komuny anabaptystów w Münster. Hofmann zmarł w więzieniu.