Po raz pierwszy zakwalifikował się do play-offów o mistrzostwo Niemiec w piłce nożnej w sezonie 1995/96, przegrywając w finale 0:1 z TSV Siegen. W kolejnych sezonach udało im się utrzymać w czołówce niemieckich klubów piłkarskich, ale nie zdobył żadnych tytułów. 27 sierpnia 1998 roku kobieca sekcja piłki nożnej SG Praunheim opuściła klub i 1 stycznia 1999 roku otrzymała licencję na nazwę 1. FFC Frankfurt. Zespół odniósł sukces, natychmiast zdobywając puchar i mistrzostwo w swoim pierwszym sezonie. W sezonie 1999/2000 zdobyli swój drugi puchar, ale stracili mistrzostwo na rzecz FCR Duisburg. W latach 2000–2003 klub wygrał trzy kolejne dublety, jednocześnie awansując na szczyt europejskiej piłki nożnej, wygrywając inauguracyjny sezon Pucharu UEFA Kobiet w 2002 roku. W 2006 dzięki zwycięstwu 4:0 nad Poczdamem w pierwszym meczu klub po raz drugi zdobył Puchar UEFA Kobiet. W sezonie 2007/08 zespół zdobył drugą potrójną koronę, stając się tym samym pierwszym i jak dotąd jedynym klubem, który trzykrotnie zdobył Puchar UEFA Kobiet. Wyniki klubu znacznie spadły w sezonie 2008/09. Czwarte miejsce w lidze było najgorszym wynikiem klubu od czasu wprowadzenia jednolitej Bundesligi. Nie dotarli też do finału pucharu po raz pierwszy od 1998 roku.