Upadek Korczyn podupadł w XVII wieku. Po przeniesieniu dworu królewskiego z Krakowa do odległej Warszawy, rola polityczna małopolskiej szlachty osłabła, a wraz z nią znaczenie korczyńskich sejmików. W 1606 Korczyn zajęli i złupili rokoszanie Mikołaja Zebrzydowskiego. W 1607 pożar zniszczył niemal całe miasto. Ogromne zniszczenia przyniosły wojny, a szczególnie potop szwedzki oraz najazd Rakoczego. W 1657 miasto zostało spalone i splądrowane. Zniszczeniu uległy archiwa grodzkie i miejskie. Korczyn został ponownie zajęty i zniszczony przez Szwedów w 1702 w trakcie III wojny północnej. W mieście w 1701 i 1707 wybuchały zarazy.
W podźwignięciu miasta, nie pomogły nowe przywileje Augusta III Sasa z 1748 oraz Stanisława Augusta Poniatowskiego z 1773. Na skutek rozbiorów Polski Nowy Korczyn znalazł się na granicy państw, co spowodowało zatamowanie stosunków handlowych z terenami położonymi za Wisłą.
W 1794 przez Nowe Miasto przemaszerowały wojska Tadeusza Kościuszki obozujące w pobliskich Winiarach. 30 kwietnia 1794 szlachta sandomierska ogłosiła tu przystąpienie do powstania.