Wygrał z łatwością, pomimo błotnistego toru.

Na początku kwietnia po zaciętej walce wygrał Florida Derby, utrzymując tytuł niepokonanego na 5 startów.

W pierwszą sobotę maja, jako jeden z faworytów wyścigu, odniósł spektakularne zwycięstwo w Kentucky Derby, zostawiając rywali kilka długości za sobą.

Preakness Stakes 2006 i śmierć 20 maja 2006 roku Barbaro wystartował w Preakness Stakes jako faworyt. W wyniku falstartu, został wprowadzony do maszyny startowej jeszcze raz. Za drugim razem konie wystartowały równo, jednak jeszcze na tej samej prostej dżokej Edgar Prado zaczął wstrzymywać kontuzjowanego Barbaro. Zeskoczył z konia i zaczął go podtrzymywać, dopóki na torze nie pojawili się pomocnicy. Jak się okazało, kontuzja była poważna – złamał prawą tylną nogę w ponad 20 miejscach. Szybko zabrano go do kliniki, gdzie przeszedł udaną operację. Podobny zabieg w 1971 pomyślnie przeszedł Hoist The Flag, obiecujący koń wyścigowy.

Po wybudzeniu się, Barbaro dosyć szybko doszedł do siebie – jadł, ostrożnie kręcił się po boksie i okazywał zainteresowanie klaczami.