Przy NDAP rozpoczęły działanie organy opiniodawczo-doradcze, które po wejściu w życie ustawy o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach stały się organami opiniodawczo-doradczymi Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych: Rada Archiwalna (powstała w 1953) Centralna Komisja Brakowania Akt (powstała w 1952; późniejsze nazwy: Centralna Komisja Oceny Materiałów Archiwalnych, obecnie: Centralna Komisja Archiwalnej Oceny Dokumentacji) Centralna Komisja Metodyczna (powstała w 1958) Komisja Zakupów Archiwaliów (powstała w 1962, obecnie nie istnieje). Od 1957 NDAP jest członkiem Międzynarodowej Rady Archiwów jako reprezentant polskich Archiwów Państwowych. Od 1996 zaangażowana jest w program UNESCO „Pamięć Świata”, a Naczelny Dyrektor jest przewodniczącym Polskiego Komitetu tego programu. Uczestniczy też w pracach europejskich gremiów archiwalnych European Board of National Archivists (EBNA) i European Archives Group (EAG).
Działalność NDAP jest urzędem obsługującym Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych, stąd jej funkcje i zadania wynikają bezpośrednio z zakresu działania Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych.