ostatecznie zgodzono się na uznanie go za wysokiego komisarza mocarstw na okres jedynie 3 lat przy pełnym uznaniu suwerenności sułtańskiej. Grecki książę przybył na Kretę 21 grudnia 1899, gdzie francuski admirał Pottier przekazał mu w administrację terytorium wyspy. Następnie wypracowano obowiązującą konstytucję i dokonano wyboru 138 deputowanych chrześcijańskich i 50 muzułmańskich. Do końca 1904 r. Kreta korzystała z okresu pokoju.

W kwestiach dotyczących przyszłości wyspy zaistniał jednak wśród Kreteńczyków podział na trzy polityczne tendencje: stronnictwo opowiadające się za długotrwałym utrzymaniem stanu obecnego (status quo), którego zwolennikami byli głównie przedstawiciele zamożnych warstw finansowo-handlowych o szerszych powiązaniach europejskich; stronnictwo irredentystów dążące do połączenia z macierzą (tzw. enosis) i bezwarunkowej aneksji Krety przez Grecję, pozostające pod przywództwem ks. Jerzego (który wprost zadeklarował się jako namiestnik swego króla, a nie przedstawiciel państw europejskich);