Aresztowany przez Niemców 22 lutego 1942. Przebywał najpierw w gestapowskiej katowni Palace w Zakopanem, a później na Montelupich w Krakowie. 26 marca wywieziono go do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz, gdzie otrzymał numer obozowy 27235. Pracował niewolniczo m.in. przy budowie zakładów Buna-Werke i linii kolejowej w pobliżu Auschwitz.
Pod koniec 1944 z grupą kilkuset więźniów trafił do KL Buchenwald. Wyzwolenia doczekał w kwietniu 1945 roku. Po kilkumiesięcznym pobycie w amerykańskiej strefie okupacyjnej wrócił do Polski.
W 1949 roku bezpieka aresztowała go za współpracę z obcym wywiadem. Po kilku tygodniach więzienia został zwolniony. Był rolnikiem w rodzinnym Chochołowie.
Był wieloletnim działaczem Chrześcijańskiego Stowarzyszenia Rodzin Oświęcimskich. Był też przez wiele lat sołtysem w rodzinnym Chochołowie i prezesem tamtejszej OSP.
28 maja 2006 roku Stanisław Frączysty był wśród 32 byłych więźniów, którzy spotkali się pod Ścianą Śmierci w byłym obozie Auschwitz I z papieżem Benedyktem XVI.
Stanisław Frączysty zmarł w swoim domu w Chochołowie 7 lutego 2009.