Historia Kościół zbudowany jako kaplica szpitalna. Początków budowy można szukać pod koniec XV wieku. W 1491 roku otrzymał papieskie pozwolenie na odpusty: z okazji święta poświęcenia kościoła i świąt: Trzech Króli, Zwiastowania oraz Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Budowniczymi byli prawdopodobnie był Jan z Przasnysza z synami Mikołajem i Piotrem. Przy budowie otrzymał wystrój gotycki, jednakże w 1614 miasto nawiedził pożar i dotknął również kościół, który w większej części został spalony. Podjęto odbudowę i świątynia zyskała wygląd i wyposażenie barokowe. Również w 1794 roku, gdy ogromny pożar strawił miasto (kościół parafialny, klasztor, większość drewnianej zabudowy), zniszczeniu uległ kościół Ducha Świętego.
Początkowo była to budowla orientowana. W bliżej nieokreślonym czasie, być może w XVII wieku, przeniesiono ołtarz na ścianę zachodnią. Podczas remontu w 1958 roku przywrócono pierwotny stan. W latach 2008–2010 przeprowadzono gruntowny remont świątyni. Wymieniono tynki, zamontowano witraże, założono nowe drzwi i system antywłamaniowy. Sprawiono ponadto nowy ołtarz.