Bayer Leverkusen Daum po dwóch latach powrócił do Niemiec i w 1996 roku objął posadę trenera Bayeru 04 Leverkusen. Przez 4 lata jego kadencji Bayer trzykrotnie zajmował 3. miejsce w Bundeslidze. Po Euro 2000 Daum miał objąć posadę trenera reprezentacji Niemiec jednak 21 października 2000 roku DFB anulował tę nominację z powodu wyjścia na jaw jego uzależnienia od narkotyków. W rezultacie posadę dostał Rudi Völler.
Powrót do Turcji Po tym incydencie Daum stracił również pracę w Bayerze. Jako że nie mógł znaleźć pracy w Niemczech, powrócił do Beşiktaşu, który prowadził od marca 2001 do maja 2002. W październiku 2002 roku objął posadę trenera w Austrii Wiedeń, z którą wywalczył swój kolejny tytuł mistrza kraju.
Na początku lipca 2003 roku rozpoczął pracę z drużyną Fenerbahçe SK, z którą w 2004 i 2005 roku wygrał ligę turecką. Po słabym starcie w europejskich pucharach i oddaniu w sezonie 2005/2006 tytułu lokalnemu rywalowi – Galatasaray SK Daum zrezygnował ze swojej posady.
FC Köln 27 listopada 2006 roku podpisał trzyletni kontrakt z 1. FC Köln. W maju 2008 roku wywalczył z zespołem awans do 1. Bundesligi.