W latach 1987–1991 "Parche" przeszedł szeroką przebudowę w stoczni Mare Island Naval Shipyard, w trakcie którego wymieniono paliwo jego reaktora i zmodyfikowano go do badań i rozwoju. Dodano 30 metrową sekcję kadłuba przed kioskiem. Dodana sekcja była z góry płaska (co wyglądało podobnie jak pokład rakietowy na balistycznych okrętach podwodnych) i zapewniała przestrzeń potrzebną dla powiększonej załogi i dodatkowego ekwipunku. W skład dodatkowych urządzeń wchodziło wiele anten zwiadu elektronicznego, urządzenia elektroniczne i nawigacyjne oraz sprzęt badawczy środowiska oceanicznego. W trakcie przeglądu dodano także wiele pomocniczych urządzeń nawigacyjnych i pomocniczych, np. przedni i górny sonar krótkiego zasięgu, zestaw opancerzonych reflektorów i kamer telewizyjnych do operacji przeprowadzanych pod lodemSontag, S.; Drew, C.; Drew, A.L. (1998). Blind Man’s Bluff: The Untold Story of American Submarine Espionage. Harper. ..
Po ukończeniu modyfikacji okręt rozpoczął wypełniać nowe zadania jako część Submarine Development Squadron 5. "Parche" podjął działania w ramach Floty Pacyfiku w 1992 i został przeniesiony do nowej bazy w Bangor w listopadzie 1994.