W 2002 roku Benítez wrócił do Paragwaju i został zawodnikiem Olimpii Asunción. W tym samym roku wygrał z nią Copa Libertadores, w 2003 sięgnął po kolejne międzynarodowe trofeum, Recopa Sudamericana. 2004 rok Miguel spędził najpierw w hiszpańskim drugoligowcu, UD Almería, a następnie w peruwiańskim Universitario de Deportes. Z kolei w latach 2005-2006 znów występował w rodzimej Primera División, w zespole Sportivo Luqueño. Końcowe lata kariery spędził w klubach ze stolicy kraju, Asunción: ponownie Olimpii i Club Guaraní. Karierę zakończył w 2007 roku.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Paragwaju Benítez zadebiutował w 1993 roku. W 1998 roku został powołany przez selekcjonera Paula Césara Carpegianiego do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Tam był podstawowym zawodnikiem i wystąpił we wszystkich czterech meczach: zremisowanych 0:0 z Bułgarią i Hiszpanią, wygranym 3:1 z Nigerią (w 59. minucie zdobył gola na 2:1) oraz przegranym 0:1 w 1/8 finału z Francją. Karierę reprezentacyjną zakończył w 2003 roku. W kadrze narodowej rozegrał 29 spotkań (w