W celu wyjaśnienia afery Orlenu wszczęto postępowanie w prokuraturze w Katowicach oraz powołano sejmową komisję śledczą. Jan Kulczyk złożył wyjaśnienia przed Sejmową Komisją Śledczą i był czterokrotnie przesłuchiwany przez prokuraturę w charakterze świadka, ostatnio w kwietniu 2008. Ze względu na brak dowodów, prokuratura postanowiła umorzyć toczące się postępowanie.
Był jedną z osób, których prywatne rozmowy zostały nagrane, a następnie od 2014 były ujawniane w ramach tzw. afery podsłuchowej. W przypadku Jana Kulczyka nagrania dotyczyły rozmów m.in. z ówczesnym ministrem spraw zagranicznych Radosławem Sikorskim i prezesem NIK, Krzysztofem Kwiatkowskim. O domniemanych nieprawidłowościach przekazanych przez Kulczyka Kwiatkowskiemu, ten drugi w 2014 zawiadomił Agencję Bezpieczeństwa Wewnętrznego.
Jan Kulczyk był również łączony z aferą Kulczykpark i zarzutami wobec urzędników UM Poznania za zaniżenie ceny nieruchomości w centrum miasta pod inwestycję Stary Browar.
Życie prywatne mały|240px|Grób na cmentarzu Jeżyckim Z małżeństwa z Grażyną Kulczyk miał dwoje dzieci: Sebastiana (ur. 1980) i Dominikę (ur. 1977). Wieloletnią partnerką Kulczyka była projektantka mody Joanna Przetakiewicz. Miał dwoje wnuków: Jeremiego (ur. 2004) i Weronikę (ur.