Struktura Instytutu Dyrektorzy Instytutu mały|Justyna Schulz (2019) Zygmunt Wojciechowski (1945–1955) Kazimierz Piwarski (1956–1958) Gerard Labuda (1959–1961) Michał Sczaniecki (1961–1964) Zdzisław Kaczmarczyk (1964–1965) Władysław Markiewicz (1966–1973) Lech Trzeciakowski (1974–1978) Antoni Czubiński (1978–1990) Anna Wolff-Powęska (1990–2004) Andrzej Sakson (2004–2011) (2011–2017) (2017–2025) Krzysztof Malinowski (w 2025, p.o.) Michał Nowosielski (od 2025)
Działy Instytutu a. Pion badawczo-analityczny Zespół: Niemcy – państwo, społeczeństwo, gospodarka Zespół: Niemcy – Europa – świat Zespół: Historia i polityka Zespół: Bezpieczeństwo globalne Projekt: Ziemie Zachodnie i Północne
b. Pion wsparcia Dział komunikacji publicznej Dział wydawnictwa Dział organizacyjny Dział biblioteka
c. Księgowość
Biblioteka Zbiory Biblioteki I, liczące ogółem ponad 120 tys. różnego rodzaju prac, stanowią największy w Polsce zasób specjalistyczny z zakresu niemcoznawstwa (w tym prasy niemieckiej);