Uroczyste poświęcenie Ołtarza Trzech Tysiącleci przez kard. Stanisława Dziwisza miało miejsce 8 maja 2008. Towarzyszyło mu "Credo" Krzysztofa Pendereckiego, wykonane pod batutą kompozytora przez Chór i Orkiestrę Symfoniczną Akademii Muzycznej w Krakowie oraz Chór Chłopięcy filharmonii w Krakowie. Pierwsza msza święta przy ołtarzu została odprawiona 11 maja 2008, po procesji św. Stanisława z Wawelu na Skałkę.
Ołtarz Trzech Tysiącleci zwyciężył w plebiscycie Archi-Szopa na najgorszą budowlę Krakowa 2008 roku. Jurorzy konkursu ocenili tę inwestycję jako krakowskie tchnienie LicheniaDawid Hajok, Archi-Szopa: ołtarz na prowadzeniu, "Gazeta Wyborcza Kraków", 15.06.2008.; podkreślali również, że Ołtarz przytłoczył otoczenieDawid Hajok, Archi-Szopa za nieskromność, "Gazeta Wyborcza Kraków", 25.06.2008.. Zdaniem Zbigniewa Beiersdorfa to wyjątkowy przykład banalizacji świętego miejsca, szczególnie istotnego w historii Krakowa i całej Polski.