Dupont złupił tam Kordowę, a następnie w obliczu powszechnego antyfrancuskiego powstania nie mógł się zdecydować ani na porzucenie wozów taborowych z łupami, ani na energiczne działania, i ostatecznie, nie wykorzystując wszystkich szans przebicia się przez pierścień wojsk Castañosa 22 lipca kapitulował pod Bailén. Wbrew postanowieniom zawartej wówczas konwencji żołnierze Duponta nie zostali odesłani do Francji, ale umieszczeni na pontonach w Kadyksie, gdzie wielu z nich zmarło. Sam Dupont wrócił do Francji i został osadzony w więzieniu oraz pozbawiony swoich tytułów, w roku 1809 zwolniony, w roku 1812 zdegradowany i umieszczony w forcie Joux, a potem w cytadeli w Doullens. Po powrocie Burbonów przeszedł natychmiast na ich stronę i od maja do grudnia w roku 1814 był ministrem wojny. Próbował organizować opór przeciw Napoleonowi wracającemu z Elby, po jego zwycięstwie został ponownie zdegradowany. Po ostatecznym upadku Napoleona był m.in. ministrem stanu i członkiem prywatnej rady królewskiej, a w latach 1815–1830 deputowanym z Charente.