Dorobek naukowy Ilustracja mózgowia z pracy Meynerta|mały Meynert zajmował się anatomią mózgu, patologią i fizjologią. Prowadził pionierskie badania nad topografią kory mózgu i szlaków nerwowych, dając podstawy pod cytoarchitektonikę ośrodkowego układu nerwowego. Zasługą Meynerta było też nadanie psychiatrii rangi nauki ścisłej, i powiązanie jej z neuroanatomią.
Wybrane prace Anatomie der Hirnrinde als Träger des Vorstellungslebens und ihrer Verbindungsbahnen mit den empfindenden Oberflächen und den bewegenden Massen. W: Lehrbuch der psychiatrischen Krankheiten, 1865 Die Bloßlegung des Bündelverlaufs im Großhirnstamme. Österreichische Zeitschrift füt praktische Heilkunde, 1865 Studien über die Bestandtheile der Vierhügel in den nächst unterhalb gelegenen Querschnitten der Brücke. Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie 17 Ein Fall von Sprachstörung anatomisch begründet. Jahrbuch der Gesellschaft der Aerzte in Wien (1866) Der Bau der Großhirnrinde und seine örtliche Verschiedenheiten nebst einem pathologisch-anatomischen Korollarium. Leipzig, 1868 Vom Gehirn der Säugetiere. W: Stricker: Handbuch der Lehre von den Geweben der Menschen und Tiere. 1869 Die centrale Projection der Sinnesoberflächen. Wiener Akademie der Wissenschaften (1869). Klinik der Erkrankungen des Vorderhirns. 1884 Psychiatrie.