W 1904 roku, w czasie powstania Herero w Niemieckiej Afryce Południowo-Zachodniej (obecnie Namibia), jako szef sztabu generalnego von Schlieffen poparł ludobójczą politykę Lothara von Trothy wobec ludów Herero i Namaqua, twierdząc, że wojna rasowa, raz rozpoczęta, może zostać zakończona jedynie przez unicestwienie lub całkowite zniewolenie jednej ze stron. Zasadniczo zgadzał się z osławionym Vernichtungsbefehl („rozkazem eksterminacji”) von Trothy z 2 października 1904 roku, usprawiedliwiając nawet liczne przypadki zabijania kobiet z plemienia Herero przez Niemców, pisząc: Jeśli […] kobiety zostały zastrzelone, to należy pamiętać, że kobiety nie tylko brały udział w walkach, ale były również głównymi sprawczyniami okrutnego i straszliwego męczeństwa, któremu często poddawani byli nasi ranni, i że widok tych ofiar […] prowokował towarzyszy do zrozumiałej furii. Dopiero po interwencji kanclerza Bernharda von Bülowa i obawie przed splamieniem wizerunku Niemiec na arenie międzynarodowej, Schlieffen zgodził się w grudniu 1904 roku na uchylenie rozkazu Trothy nakazującego zabijanie na miejscu nieuzbrojonych i poddających się Herero.