W 1634 roku pokój w Polanowie ostatecznie pozostawił Czernihów przy Rzeczypospolitej. Rzeczpospolita utraciła faktyczną kontrolę nad miastem w czasie powstania Chmielnickiego oraz po rozpoczęciu wojny z Moskwą w 1654 roku.
Rosja, Ukraińska Republika Ludowa i ZSRR mały|Czernihów ok. 1917 r. Miasto przyłączono do Rosji w 1667 r. na podstawie postanowień rozejmu andruszowskiego potwierdzonego w traktacie Grzymułtowskiego w 1686 roku. Do 1764 roku znajdował się na terenie Hetmanatu.
Od 1801 r. stolica guberni czernihowskiej.
W 1838 roku w Czernihowie miejscowi Polacy zbudowali kościół katolickiMądzik Мarek, Korzeniowski Мariusz, Latawiec Krzysztof, Tarasiuk Dariusz, Polacy na wschodniej Ukrainie w latach 1832–1921, Lublin 2014, s. 106.. W 1917 r. odbyło się w Czernihowie posiedzenie organizacyjne Klubu Społecznego Polskiego na czele którego stanął Edward Rettinger, a w skład weszli miejscowi przedstawiciele Centralnego Komitetu Obywatelskiego, Polskiego Towarzystwa Pomocy Ofiarom Wojny i Towarzystwa Patronatu Młodzieży PolskiejW koloniach polskich i na kresach, „Gazeta Polska”, 2/15 V 1917, nr 108, s. 2.. W latach 1917–1919 w Ukraińskiej Republice Ludowej i Państwie Ukraińskim. 12 stycznia 1919 r. zostało zajęte przez Armię Czerwoną i włączone do tworzonej Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki RadzieckiejA.