Opuszczone przez bernardynów budynki kościoła i klasztoru wykorzystywano na różne cele. Po pożarach w latach 1809 i 1814 budynek kościoła został przebudowany w latach 1823–1825 na potrzeby sądu: podzielono go na trzy kondygnacje, w prezbiterium urządzono salę rozpraw, zmieniono także elewacje (w stylu klasycystycznym). Zabudowania klasztorne częściowo wyburzono, a częściowo przebudowano, powstało w nich więzienie.
W czasie II wojny światowej regotyzowano elewacje zewnętrzne prezbiterium dawnego kościoła. Przez długie lata swoje pomieszczenia miał tutaj tarnowski magistrat.
Parter dawnego kościoła jest wykorzystywany jako parafialna kaplica polskokatolicka. W związku z utworzeniem 31 marca 2017 Prawosławnego Punktu Duszpasterskiego pw. Częstochowskiej Ikony Matki Bożej w Tarnowie, w kaplicy (na mocy porozumienia z Kościołem Polskokatolickim) celebrowana jest również prawosławna Boska Liturgia. Punkt obsługuje duchowny z parafii w RzeszowieOficjalna strona Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – Niedziela Palmowa w Tarnowie [dostęp 2017-04-11].
Przypisy