Systematyka Systematyka tego gatunku jest kwestią sporną. Część systematyków zaliczała kormorana niebieskookiego do rodzaju Phalacrocorax lub Notocarbo, współcześnie jest on zaliczany do Leucocarbo. Autorzy Kompletnej listy ptaków świata, AviList oraz Clements Checklist of Birds of the World wyróżniają 8 podgatunków Leucocarbo atriceps: L. a. atriceps (P.P. King, 1828) – kormoran niebieskooki – południowa część Ameryki Południowej – Chile (na południe od wyspy Mocha) i południowa Argentyna (na południe od Chubut) L. a. albiventer (Lesson, 1831) – kormoran królewski – Falklandy L. a. bransfieldensis (Murphy, 1936) – kormoran antarktyczny – Półwysep Antarktyczny, Szetlandy Południowe i Elephant Island L. a. georgianus (Lönnberg, 1906) – kormoran południowy – Georgia Południowa, Orkady Południowe, Sandwich Południowy i Shag Rocks L. a. nivalis (Falla, 1937) – kormoran białoskrzydły – wyspa Heard na południowo-wschodnim Oceanie Indyjskim L. a. melanogenis (Blyth, 1860) – kormoran żałobny – Wyspy Crozeta i Wyspy Księcia Edwarda na południowym Oceanie Indyjskim L. a. purpurascens (J.F. Brandt, 1837) – kormoran wspaniały – wyspy Macquarie i Bishop and Clerk Islets (na południe od Nowej Zelandii) L. a. verrucosus (Cabanis, 1875) – kormoran kergueleński – Wyspy Kerguelena. Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (IOC) do L.