Trudy wyprawy, głód spowodował, iż 26 grudnia Pizarro zaokrętował 57 ludzi i broń i wysłał brygantynę po żywność. Po kilku dniach, gdy statek nie wracał, Pizarro ogłosił Orellana zdrajcą i sam, wpierw rzeką Napa, a następnie lądem powrócił w sierpniu 1542 roku z 80 żołnierzami do Quito.
Walka o sukcesję Po powrocie Pizarra do Quito, dowiedział się o buncie ludzi Diego Almagro Juniora (Diego de Almagro II) i stłumieniu rebelii przez Vacę de Castro, który ogłosił się gubernatorem Peru. Gonzalo Pizarro natychmiast zgłosił swoje pretensje do tytułu, lecz został odprawiony do Boliwii. W 1542 roku cesarz Karol V ogłosił Leyas Nuevas (Nowe prawo) pozbawiając w ten sposób majątków i wpływów wszystkich konkwistadorów. Dwa lata później na stanowisko wicekróla Peru, cesarz mianował Blasco Núñez Vela. Po jego przybyciu do Limy wraz z czterema sędziami nowo utworzonego trybunału administracyjnego (audiencje) i ogłoszeniu wolności Indian, w kraju wybuchły sprzeciwy. Stronnictwa przeciwne nowemu królowi obrały na swojego przywódcę Pizarra. Wybuchły walki pomiędzy Hiszpanami. 10 września la Vela dokonał zabójstwa Hiszpana.