15 marca 2008 roku oficerów uczestniczących w jego zabójstwie: płk Mykołę Protasowa, płk Wałerija Kostenkę i mjr Ołeksandra Popowycza skazano na kary odpowiednio 13, 12 i 12 lat więzienia. Podejrzany gen. został schwytany 22 lipca 2009. Dwóch kolejnych podejrzanych zmarło: ówczesny minister spraw wewnętrznych Jurij Krawczenko popełnił samobójstwo, strzelając sobie dwukrotnie w głowę, zaś Ihor Honczarow zmarł w szpitalu na zawał serca w 2003. W 2011 roku Prokuratora Generalna w Kijowie poinformowała, że 10 lipca 2000 roku prezydent Łeonid Kuczma wydał ówczesnemu ministrowi spraw wewnętrznych Jurijowi Krawczence polecenie porwania Gongadzego, wywiezienie go poza Kijów oraz zastraszenia go w celu zemsty za jego krytyczną działalność oraz powstrzymania go od kontynuowania krytyki rządu. Zarzuty oparto na zeznaniach byłego ochroniarza Kuczmy, majora Mykoły Melnyczenki. Melnyczenka w 2000 roku opublikował wykonane z podsłuchu nagrania, na którym słychać Kuczmę, który w gniewie domagał się pozbycia Gongadzego.
W 2009 roku w Kijowie znaleziono szczątki czaszki, które według Prokuratora Generalnego należały do dziennikarza.