W trakcie sezonu 1993/1994 Cerny wrócił do Austrii i został piłkarzem Tirolu Innsbruck. Tam występował w podstawowej jedenastce i w kolejnych trzech sezonach był jednym z najlepszych strzelców zespołu grając w linii pomocy m.in. z Peterem Stögerem i Rolandem Kirchlerem. W klubie z Innsbrucka grał do końca 1995 roku i w zimowym oknie transferowym odszedł z klubu, który przechodził kłopoty finansowe.
W 1996 roku Harald znów występował w Monachium, tym razem w zespole TSV 1860 Monachium. W zespole prowadzonym przez Wernera Loranta swój pierwszy mecz rozegrał 10 lutego przeciwko FC St. Pauli, wygrany przez TSV 2:0. W pierwszym sezonie był rezerwowym dla pary napastników Olaf Bodden – Bernhard Winkler, ale z czasem został przesunięty z ataku do pomocy i na pozycji prawego pomocnika występował w wyjściowej jedenastce TSV. Przez kolejne lata był podstawowym zawodnikiem zespołu, a w sezonie 2000/2001 wystąpił z nim w Pucharze UEFA. W 2004 roku spadł z "Die Löwen" do 2. Bundesligi i tam grał w następnych sezonach. W sezonie 2005/2006 doznał kontuzji, przez co w kolejnym w ogóle nie pojawił się na boisku i wtedy też postanowił zakończyć piłkarską karierę w wieku 34 lat. Dla TSV zagrał 263 razy i zdobył 17 goli.