Jednak w 2001 roku znów zajął ze swoim klubem 3. pozycję w La Liga, a jesienią występował rozgrywkach grupowych Pucharu Mistrzów. Z kolei w 2003 roku zdobył Puchar Króla.
Latem 2003 roku Ibagaza trafił za 5 milionów euro do Atlético Madryt. W zespole prowadzonym przez José Murcię zadebiutował 31 sierpnia w przegranym 0:1 domowym meczu z Sevillą. W Atlético często wybiegał w podstawowej jedenastce, jednocześnie napotykając konkurencję w środkowej linii ze strony rodaka Diego Simeone, Francuza Petera Luccina czy Gonzalo Colsy. W zespole „Los Colchoneros” występował przez trzy sezony, ale nie odniósł większych sukcesów. W tym czasie rozegrał 85 meczów i zdobył 4 bramki.
W 2006 roku Argentyńczyk odszedł z Atlético na zasadzie wolnego transferu i wrócił do Mallorki. Został mianowany kapitanem zespołu, a w 2007 roku przedłużył kontrakt z klubem o kolejne dwa lata. W sezonie 2007/2008 był najlepszym asystentem hiszpańskiej ligi.
W lipcu 2008 roku Ibagaza podpisał dwuletni kontrakt z wicemistrzem Hiszpanii, Villarrealem. Suma transferu wyniosła 1,5 miliona euro. W Villarrealu zadebiutował 31 sierpnia 2008 roku w zremisowanym 1:1 wyjazdowym spotkaniu z Osasuną Pampeluna. W Villarrealu spędził dwa sezony.