W czasie Wielkiej Rewolucji Francuskiej kościół został przemianowany na Świątynię Zwycięstwa i poważnie uszkodzony. Zwłaszcza dawne wnętrze, na fali dechrystianizacji, cechującej się racjonalizmem, zostało zdewastowane. Z tego czasu pochodzi napis wyryty nad środkowymi drzwiami wejścia głównego, obecnie ledwie widoczny: Le Peuple Francais Reconnoit L’Etre Suprême Et L’Immortalité de L’Âme (Lud Francji uznaje Byt Najwyższy i Nieśmiertelność Duszy). Autor tego napisu nie jest znany.
Obiekt ponownie ucierpiał w czasie oblężenia Paryża w 1870, kiedy pruski pocisk z działa dalekiego zasięgu trafił w północną wieżę. 17 marca 2019 w kościele wybuchł pożar.
Ze względu na zniszczenia miejscowego kościoła katedralnego powstałe w wyniku pożaru, to w kościele św. Sulpicjusza, 23 maja 2022 roku, odbył się ingres arcybiskupa Paryża Laurenta Ulricha.
W kościele zostali ochrzczeni markiz de Sade oraz Charles Baudelaire, natomiast Victor Hugo wziął ślub z Adelą Foucher. W kościele tym odbył się w 1790 roku ślub rewolucjonisty Camille’a Desmoulins z Lucile.